1. Amaç:
Aspergillus türlerini hızlı ve güvenilir şekilde tespit etmek.
Enfeksiyon etkeni türlerini ayırt etmek (örn. Aspergillus fumigatus, A. flavus, A. niger vb.).
Klinik örneklerde (kan, BAL sıvısı, doku biyopsisi, serum) enfeksiyon tanısı koymak.
2. Kullanım Alanları:
İnvaziv aspergilloz şüphesi olan hastalarda tanı koymak.
İmmün yetmezlikli hastalarda erken tanı için.
Antifungal tedavi takibi ve direnç belirlenmesi.
3. Testin Prensibi:
Multiplex PCR yöntemi ile farklı Aspergillus türlerine özgü DNA dizileri aynı anda çoğaltılır.
Spesifik primerler kullanılarak hedef DNA bölgeleri çoğaltılır.
PCR ürünleri jel elektroforezi veya gerçek zamanlı PCR (qPCR) cihazı ile analiz edilir.
Her bir tür veya gen farklı büyüklükte PCR bandı verir ve bu şekilde tanımlanır.
4. Avantajları:
Hızlı sonuç (genellikle birkaç saat içinde).
Yüksek spesifite ve duyarlılık.
Çoklu hedef testi ile maliyet ve zaman tasarrufu.
5. Sınırlamaları:
Yalancı pozitif sonuçlar için kontaminasyon riskine dikkat edilmeli.
DNA ekstraksiyon kalitesi sonuçları etkileyebilir.
Kültür ile doğrulama önerilir.
Örnek toplama: Kan, BAL, doku, serum gibi klinik örnek.
DNA ekstraksiyonu: Saf ve inhibitor içermeyen DNA izolasyonu.
PCR karışımının hazırlanması: Primerler, DNA, polimeraz, dNTP’ler.
PCR koşulları: Denatürasyon, annealing, uzama adımları optimize edilir.
Analiz: PCR ürünleri agaroz jelinde boyanarak görüntülenir veya qPCR cihazında analiz edilir.
A. fumigatus spesifik gen bölgesi için primerler
A. flavus için primerler
A. niger için primerler
Her primer seti farklı PCR ürün boyutları üretir, böylece multiplex yapıldığında türler ayrılır.
Eğer bu testi klinikte uygulamayı düşünüyorsanız, kit sağlayıcılarının test protokollerini ve onay durumunu (CE, FDA gibi) incelemek önemli. Laboratuvarınızda moleküler biyoloji uzmanlığı ve ekipmanları olmalıdır.
